Как оформлять УПД с НДС, если по договору есть гарантийные удержания?

Оформила договор с ООО, выставлен счёт с НДС 20% по просьбе контрагента. Поступила предоплата, выставили счёт-фактуру на аванс. Услуги выполнили, выставили счёт на доплату, по доплате оформлен УПД на полную сумму с учётом фактически оплаченных сумм. Дело в том, что договор подразумевает гарантийное удержание 1% на 60 месяцев, а также 5% на полгода, при этом перечислять будут 1/6 часть каждый месяц.

Правильно ли я выставила УПД, на сумму фактически полученных денег без учёта будущей оплаты этих 5%? Контрагент попросил меня оформить их формат документов кс2 и кс3, в них указана полная сумма включая удержания. Как мне поступить в данной ситуации: не будет ли путаницы в налоговой, так как по полученным фактически суммам НДС к оплате меньше. Как мне оформлять суммы, которые они будут выплачивать в течение ближайших 6 месяцев? Про сумму, которая поступит в течение 5 лет я пока молчу, так как возможно её удержат или что-то изменится в законодательстве.